Probiyotiklerin ağızdan alımı güvenli kabul ediliyor. Kullanımla giderek azalan gaz, şişkinlik gibi yakınmalara yol açabiliyorlar.Canlı mikroorganizmalar olmalarına rağmen sistemik enfeksiyona yol açma olasılıklarının çok düşük ( 1/1000000 ‘dan az ) olduğu bildiriliyor. Ancak; genel durumu çok kötü, bağışıklık sistemi çökmüş hastalarda, akut pankreatitte kullanımları uygun bulunmuyor. Antibiyotik tedavisi sırasında kullanılırsa, antibiyotikle 2 saat arayla alınmaları gerekiyor. Laktobasil grubunun laktoz ve süt hipersensitivitesinde, mayaların ise maya allerjisinde kullanılmaması gerekiyor.