Balkanların ve Orta Avrupa'nın durumu Churchill'in çok canını sıkıyordu. Sovyet yayılmasını önlemek için Stalin'le bir anlaşma yapmak üzere Moskova'ya gitti ve 9-20 Ekim 1944'de Stalin''le görüştü.

Balkan memleketlerinin iki devlet arasında nüfuz bölgelerine ayrılışı konusunda bir anlaşmaya varmaya muvaffak oldu. Romanya, Rus, Yunanistan ve İngiliz nüfuzuna terkedildi. Yugoslavya ve Macaristan %50 İngiliz, %50 Rus nüfuzu altında olacaktı. Bulgaristan için bu oranlar, %75 Rus, %25 İngiliz idi. Bu yüzde oranlarının anlamı, kabinelere girecek ve orada temsil edilecek siyasal eğilimlerin oranlarıydı.

Polonya meselesinde uzlaşma olamadı. Konferansa, Londra'daki mülteci Polonya Hükümeti'nin temsilcisi ile, Rusların nüfuzu altında bulunan Lublin Komitesi'nin temsilcileri de davet edilmişti. Londra Komitesi, Polonya kabinesine bir miktar komünistin alınmasını kabul ettiyse de, Lublin Komitesi bu oranın %50-50 olmasında ısrar edince, bir anlaşmaya varılamadı.

Öte yandan, Moskova Konferansı'nda, Almanya için kurulacak Müttefik Kontrol Komisyonu'nda Fransa'ya da yer verilmesi ile, Montreux Sözleşmesi'nin değiştirilmesi de kabul edildi.