Mikroskobik sayım yöntemleri kültürel sayım yöntemleri ile kıyaslandığında "sayımın sadece dakika ile ifade edilen sürelerde" tamamlanması ve sadece boya, lam, lamel gibi "çok ucuza" mal edilmesi gibi iki büyük avantaja sahip iken, ölü ve canlı hücrelerin beraberce sayılması gibi kayda değer bir dezavantaja sahiptir. Bununla beraber canlı ve ölü hücrelerin beraber sayılması özellikle gıda endüstrisinde hammaddenin mikrobiyel kalitesi hakkında yeterli bilgi vermektedir.