Laktik Asit Bakterilerinin tiplendirmesinde kullanılan Moleküler (Genotipik) Yöntemler
 

Organizmanın genetik yapısının analizini temel alan yöntemlerdir. DNA temelli yöntemler, kullanılan tekniğin tipine bağlı olarak mikroorganizmaların genus seviyesinden suş seviyesine kadar identifikasyonunu sağlayabilmektedir. Nükleotit sekanslarının kullanımını içeren bu teknikler oldukça hızlı teknikler olup besiyerindeki değişikliklerden etkilenmemeleri bakımından fenotipik identifikasyon
yöntemlerine kıyasla oldukça önemli avantajlar sunmaktadır [13, 14]. Bununla beraber, genotipik
yöntemler kromozomal DNA molekülünün insersiyon ve delesyonu, ekstrakromozomal DNA’nın
kazanılması/kaybedilmesi veya restriksiyon endonükleaz kesim bölgelerinin yaratılmasına veya
var olan kesim bölgelerinin elimine olmasına sebep olan rastgele mutasyonlardan etkilenmekle beraber
doğal varyasyona daha az maruz kalmaktadırlar.
Fenotipik ya da genotipik olsun, tüm identifikasyon sistemleri yorum ve performans rahatlığı, ayrım gücü,
üretilebilirlik ve tiplendirilebilirlik bakımından karakterize edilmelidir.
Günümüzde, LAB identifikasyon/tiplendirme çalışmalarında ilgi odağı fenotipik yöntemlerden daha kesin ve hassas sonuçlar veren moleküler (genotipik) yöntemlere doğru kaymıştır [12]. DNA temelli moleküler yöntemler filogenetik çalışmalarda mikroorganizmaların birbirleri ile bağlantısının belirlenmesinde sıklıkla kullanılan yaklaşımlardandır ve kullanılan yönteme bağlı olarak genus düzeyinden suş düzeyine kadar mikroorganizmaların farklı seviyelerde tanımlanmasında gelişmiş bir bakış açısı sunmaktadır. Uygulamalı bakış açısından bakıldığında, ideal bir tiplendirme sistemi Tablo 1’de belirtilen bir takım önemli özelliklere sahip olmalıdır
Tablo 1. İdeal bir tiplendirme düzeneğinde istenilen özellikler
Geniş çeşitlilikteki izolatları tiplendirebilmeli




aLinti..