IRCForumları - IRC ve mIRC Kullanıcılarının Buluşma Noktası
  Mobil Sohbet, Sohbet ve Sohbet Odaları




Yeni Konu aç Cevapla
 
LinkBack Seçenekler Stil
Alt 20 Ocak 2016, 11:00   #1
Çevrimdışı
Çeşitli Toprak Parametrelerinin Mikroorganizmalarla İlişkisi


sohbet


1. Toprak nemi
Yağmur suları topraktan yıkandıktan sonra toprak porları yeniden havayla dolar. Drenajı takiben toprak nemi, toprak partiküllerinin tutma kuvveti ile yerçekimi arasında oluşan denge sonucu daha stabil hale gelir. Gerek bitki gerekse mikroorganizmaların ideal nem koşullarını gösteren bu denge düzeyine tarla kapasitesi denir. Toprak kurudukça içerdiği nem, bitki ve pek çok mikroorganimanın yararlanamayacağı bir düzeye kadar azalır ki bu noktaya solma noktası denir. Mikrobiyal hücrelerin çoğu toprağın kuruması sırasında ölmektedir. Ancak bu koşullara dayanıklı olan türler ortamda kalabilmektedir. Mikroorganizmalar kuraklığa karşı farklı direnç ve tepki gösterirler. Örneğin Bacillus cereus mycoides optimum gelişmesini toprakta 20-40 µm su filmi kalınlığında yapabilmektedir.
2. Toprak Porları
Toprak partikülleri arasındaki boşluklar yani porlar toplamı toprak hacminin hemen hemen yarısını kaplar. Bitki örtüsü ve toprağa yapılan uygulamalar toprağın por hacmini etkiler. Porların büyüklükleri topraktaki hayvan ve mikroorganizmaların gelişimi ve dağılımını etkiler. Por büyüklüğü bakteri ve aktinomiset’lerden ziyade mantarlar üzerinde daha çok etkilidir. Örneğin Pythium ultinum 2,7-200 µm por çapında vejetatif gelişmesini gerçekleştirebildiği halde eşeysel çoğalmasının 15 µm por çapında azaldığı gözlenmiştir. Mikroorganizmalar porlar içinde bulunduğu kadar partiküllerin birleşmesiyle oluşan toprak kümelerinin (agregatların) içinde de bulunabilir. Toprak agregatlarının (topak-küme) oluşumunda çeşitli türden mikroorganizmalar rol oynarlar.
3. Toprak Havası
Mikroorganizmalar, toprak havasındaki gazların konsantrasyonlarının değişimine çok farklı tepkiler gösterirler. Bazı bakteriler kuvvetli anaerob olduklarından oksijen varlığında gelişemezler (Örnek: Clostridium botulinum). Bunun aksine Pseudomonas flourescens ve aktinomiset’lerin çoğu kuvvetli oksijenli koşulları tercih ederler. Toprak havasının bileşimi atmosferdekinden oldukça farklıdır. Bitki kökleri ve diğer canlıların O2 tüketip, CO2 üretmeleri nedeniyle toprak havası %0,17-0,25 arasında CO2 içerir. Halbuki havada bu oran %0,03’tür. Nemli topraklarda O2 difüzyonunun azalmasından dolayı mikrobiyal aktivitenin yoğunluğuna bağlı olarak kısa süreler için CO2 düzeyi %10’u aşabilir. Bir vejetasyon süresi içerisinde toprakta oluşan CO2 miktarı 12 000 kg/ha’dır. Bu miktarın 2/3 mikroorganizmaların, 1/3 ise bitki köklerinin faaliyeti sonucu oluşmaktadır.
Toprak havası, su buharı ile doygun olup, ayrıca mikrobiyal aktivite sonucu oluşan amonyak, metan ve diğer uçucu maddeleri de içerir. Bunlar toprak suyunda çözünmüş halde de bulunurlar. Havalanmanın uygun olmadığı koşullarda, bitkilerin biyolojik aktiviteleri azaldığından azot ve kükürt bakterilerinin gelişimi engellenmektedir.
Anaerob koşullarda yaşayan mikroorganizmaların metabolik faaliyetleri sonucu toprakta diğer canlılar için toksik nitelikli maddeler oluşmaktadır.
Örneğin; karbon mineralizasyonu sonucu CO2 yanında çeşitli organik asitler (süt asidi, yağ asidi, limon asidi vs.) oluşmakta ve CH4, H2S gibi fitotoksik maddeler ortaya çıkmaktadır. Bu metabolitler ile oksijen yetmezliğinin oluşturduğu olumsuz koşullarda bitki kök gelişimi azalmakta ve buna bağlı su ve besin maddesi alımının azalmasından kaynaklanan gelişim bozuklukları ortaya çıkmaktadır.
Bazı toprak mikroorganizmaları ise aerob olmalarına karşın düşük O2 basıncı düzeylerinde iyi gelişebilmektedir. Bu tür organizmalara mikroaerofil organizmalar denir. Topraklarda ortaya çıkan anaerobik koşullarda nitrat ve fosfatlar gibi yarayışlı besin maddeleri azalarak sülfitler ve 2 değerli indirgenmiş Fe gibi maddelerde artış görülür. Topraklarda aerobik ve anaerobik koşullar çok dar bir ayırım gösterir. Bazı durumlarda aerob metabolizmadan anaerob metabolizmaya dönüşüm görülür. Örneğin; aerob koşullarda topraklardaki selüloz ayrışması CO2 ve H2O oluşumu ile sonlanırken, anaerobik koşullarda asetik ve formik asit gibi organik asitler birikir.
Bitkilerin kök bölgelerinde topraktaki yapısal bozulma nedeniyle ortaya çıkan anaerobik cepler çeşitli olumsuz etkiler yaratır. Bunlar;
• Bitkilerdeki ****olojik olaylarda O2 yetersizliği
• Bitki gelişimini etkileyen faktörlerde değişim
• Bitki kök bölgelerinde fitotoksik maddeler oluşturan patojen ve saprofit populasyonlarda değişim
Toprak porları bloke olduğunda, kök çevresindeki aktif mikrobiyal metabolizma ya da bitki kalıntılarının ayrışması bu ceplerde O2 yokluğuna neden olur.
Topraktaki organik maddeler, inorganik partiküller ve mikroorganizmaların etrafını sarar. Bu maddeler yapıştırıcı özellikte olduklarından mikroorganizmalar toprak strüktürünün ana oluşumcularıdır.
Toprakta oluşan agregatlar ve bunların oluşturduğu por büyüklükleri toprak havalanmasında son derece önemlidir. Porların bir kısmı kapalı olduğu halde açık olanlar gaz difüzyonuna imkan sağlar. Suyun varlığı ve miktarı porlardaki faz oranını etkiler.
Topraktaki suya dirençli agregatların artışı toprak biyokütlesinin artışına paralel olarak artar. Bakteri ve mantarlar bu özelliği artırırken Mucor heamalis gibi toprak mantarlarının hifleri agregasyonu önlemektedir.
• Laterit: Tropik iklimlerde kırmızı renkli topraklar. Bol yağış ve sıcaklık nedeniyle SiO2 kaybolmakta, buna karşılık Al ve FeO2‘ler şiddetli buharlaşma nedeniyle üst horizonlarda birikmektedir. Bu topraklar granit ana maddesinden oluşur (Fe, Al ↑).
• Podzal: İklimin soğuk ve yağışlı olduğu ve ölü örtünün asidik olduğu yetişme ortamlarında ölü örtü ayrışması güçleşir ve mineral toprak üstünde kalın bir organik madde tabakası oluşur. Bu tabakadaki humus asitleri ve organik asitlerle Fe ve AlO2’ler aşağı doğru yıkanır ve kül renkli bir horizon meydana gelir (Fe, Al ↓).
Şist: Yaprak halinde parçalanan kaya.
• Çernozyon: Kara topraklar. Yeterli nem ve uygun sıcaklık koşullarının humus oluşumu ve mineral ayrışmasını ilerlettiği fakat aşırı yıkanmanın olmadığı koşullarda oluşur. Düşük yağışlı çayır, step, preri bölgelerinin topraklarıdır.

Tarla Kapasitesi: Toprak suyla doygun hale geldikten sonra toprak taneciklerinin yerçekimine karşı tuttuğu su miktarı.
4. Toprak Strüktürü
Toprağı oluşturan kum, silt ve kil gibi inorganik bileşenlerin büyüklüğü mikroorganizmalar ve bitki kökleriyle ilişkilidir. Kül partikülleri büyüklük bakımından bakteriyel hücrelere benzemekle beraber çok daha küçük de olabilirler.
İnorganik bileşikler Çapları (µm)
Kum 50-200
Silt 2-50
Kil 2
Mikroorganizmalar
Bakteri 0,5-1,0
Aktinomycetes 1,0-1,5
Mantar 0,3-10
Killer ve mikrobiyal hücreler arasında karşılıklı etkileşimler mevcuttur. Bakterilerin çoğunluğu ve kil mineralleri elektronegatif özellikler gösterirler. Toprak bakterileri sadece kil partikülleri ile etkileşim halindedir. Çünkü her ikisinin de üzerindeki yükler polarize olarak veya metal iyonları ile köprüler kurarak etkileşirler. Killer mikroorganizmalara yapıştıklarında onların aktiviteleri üzerine çok değişik etkiler yapar.
5. Toprak Reaksiyonu ve Mikroflora
Toprak pH’sı besin iyonlarının topraktaki davranışları (çözünürlük, yarayışlılık, toksisite vd.) topraktaki enzimatik ve mikrobiyal reaksiyonların yönünü etkilemesi açısından en önemli toprak özelliğidir. Mikrobiyal sitoplazmanın pH düzeyi yaklaşık olarak nötraldir. Bu nedenle toprak mikroorganizmaları en iyi pH 7 civarında gelişme gösterirler. Ancak istisnai durumlarda mevcuttur. Örneğin Thiobacillus bakterileri pH 6 düzeyinde yaşayabilen asidofilik organizmalardır.
Genel olarak toprak bakteri ve aktinomisetleri asit koşullara karşı mantarlardan az töleranslıdır. Mantarların pekçok türü podzal topraklar gibi asit koşullarda (pH 3) gelişebilir ve dominant florayı oluşturabilir.
Topraklarda küçük partiküller çevresindeki pH koşulları toprağın genel pH’sından biraz farklı olabilir. Örneğin; negatif yüklü kolloidal kil partikülleri etraflarında H+ iyonları ve mikroorganizmalar tarafından salınan enzimleri adsorbe ederek toprak çözeltisinden daha düşük bir pH oluşumuna neden olurlar. Bunun terside olabilir. Örneğin; organik madde parçacıkları etrafında amonyağın tutulması nedeniyle bunların çevresinde pH artışı olabilir.
6. Toprak Sıcaklığı
Toprak organizmaları güneş ışıması, toprak rengi, topoğrafya, yön, bitki örtüsü, toprak-su bilançosu gibi faktörlere bağlı olarak ortaya çıkan sıcaklık faktörü ile yakından ilgilidirler.
Doğada cereyan eden bütün biyolojik, kimyasal ve fiziksel olaylar belirli enerji dönüşümleri sonucunda meydana gelir. Belirli sıcaklık derecesi özellikle biyolojik varlıkların optimum gelişmesi için gereklidir. Toprakta yaşayan bazı bakteri türlerinin aktiviteleri sıcaklıkla yakından ilgilidir. Örneğin; azot döngüsünde nitrifikasyon bakterilerinin optimal faaliyetleri 25-30 0C arasında olup, bu derecelerin 4,5-5 0C altına düşmesi ile aktiviteleri durur. Toprak faunasının da aktivitesi ve gelişmesi toprak sıcaklığıyla yakından ilgilidir.
Toprak mikroorganizmaları optimum gelişme bakımından mezofil (gelişme optimumu 25-37 0C) karekterdedir (psikrofil 5 0C’nin altında, mezofil 25-37 0C, termofil 55-65 0C optimum olanlar). Ancak çok değişik tiplerine de rastlanır. Örneğin birçok topraktan termofilik organizmaları izole etmek mümkün olabildiği gibi eksterm düzeyde soğuk topraklarda mezofilik organizmalara rastlamak mümkündür. Toprak sıcaklığı mikrofloranın genel metabolik aktivitesine belirgin bir etki yapmakla beraber çoğunlukla öldürücü etki yapmaz. Toprak organizmalarının toprak profilindeki durumları ve toprak üstündeki iklim koşulların etki derecesini belirleyen faktörlerdir.
Canlılar Alemi

Hayvanlar Bitkiler Protistler

Prokaryotlar Ökaryotlar
Bakteriler Algler
Mavi Algler Mantarlar
Protozoa’lar
Toprak Organizmaları
Toprak mikroorganizmalarının tümü edafon olarak bilinir. Organizasyon niteliklerine bakılmaksızın toprak biotası aşağıdaki bölümlere ayrılabilir;
• Mikrobiota: Algler, protozoa, mantar ve bakteriler.
• Mezobiota: Nematod’lar, küçük arthropod’lar ve enchytroeid (saksı) kurtları, kollemboller.
• Makrobiota: Yer solucanları, yumuşakçalar, büyük enchytroeid’ler ve arthropod’lar.
Toprak Canlıları (Edafon)
Toprak Faunası Toprak Florası
Protista (Mikroorganizmalar)

Çok Hücreliler Tek Hücreliler
(Metazoa) (Protozoa) Yüksek Protistler Alçak Protistler
(Eukaryotlar) (Prokaryotlar)

Mantar Alg Bakteri Mavi ve Algler
Aktinomisetler


Toprak mikroorganizmaları içinde bakteri ve mantarlar en ilgi çeken organizmalardır. Bunun nedeni karasal ekosistemlerdeki enerji akışı ve besin maddesi aktarımının büyük kısmının bu organizma gruplarınca gerçekleştirilmesinden kaynaklanmaktadır.
Mikroorganizmalar biyolojik organizasyonları nedeniyle bitki ve hayvanlardan ayrı bir grup halinde protista adı altında toplanmıştır. Bu grubun üyeleri tek hücreli veya sönositik (yaşam döngüleri sırasında hücresel strüktüre sahip olduğu dönemler gösteren çok çekirdekli fakat çok hücreli olmayan) veya çok hücreli olduklarında olgun dönemlerindeki bitki ve hayvan dokularının özelliklerinden farklılık gösteren canlılardır.

Protista’ların Sınıflandırılması
Bakteriler
Bu organizmalar topraklarda sayı, faaliyet ve ekolojik etkileri bakımından en önemli grubu oluşturur. Topraktan izole edilen bakteriler iki ana grup altında toplanır;
a. Yerli organizmalar (otokton, indigenous)
b. Dıştan gelen organizmalar (allokton)
Yerli populasyonlar komunitelerin biyokimyasal işlevlerine katılan, uzun süre metabolik aktivite göstermeksizin dirençli formlar halinde toprakta barınabilen türlerdir. Allokton türler ise komunite faaliyetlerine önemli düzeyde katılmazlar. Bu organizmalar hava hareketleri, yağış sonucu veya hayvan gübresi, atık çamurlar ve hastalıklı dokular yoluyla ortama girerler ve bir süre ortamda bulunabilirler. Hatta kısa bir süre için çoğalabilirler fakat asla önemli bir ekolojik işlevi olan dönüşüm (transformasyon) ve interaksiyon (etkileşim) göstermezler. Yerli populasyonlar arasında bulunan bazı türler, hızlı yararlanılabilen organik besin maddeleri ilave edildiği zaman hızla gelişen organizmalardır. Bu nedenle toprak uygulamalarına karşı süratle tepki verirler. Bu grup besin kaynakları azaldığı zaman, sayılarını süratle azaltırlar. Diğer bazı yerli populasyonlar ise toprağın organik maddesini, dirençli bitki dokularını ve diğer mikrobiyal hücreleri besin maddeleri daha az yararlanılabilir olduğundan bu tür organizmalar yavaş gelişirler.
Bakteriler, sistematik veya taksonomik esaslara göre sınıflandıralabileceği gibi ****olojik özelliklerine (beslenme, metabolik özellikleri, enerji kaynakları) ve hücre yapısına göre de sınıflandırılabilir. Morfolojik olarak çubuk şeklinde olanlar en yaygın olanlardır (spiral ve yuvarlak “cocci” olanların yanında). Çubuk bakterilerin bazıları uygun olmayan koşullara dirençlidir. Böyle durumlarda yaşam döngülerinin bir kısmını spor olarak geçiririler. Özellikle çubuk bakterilerinin oluşturdukları endospor bu çevre koşullarına karşı son derece dirençlidir. Bergey’e göre bakterilerin Shizomycetes sınıfına dahil edilirler. Bu sınıfın 13 ordosu bulunmasına rağmen toprakta en çok rastlananları çoğunluk 3 ordo içinde toplanır;
• Pseudomonales
• Eubacterioles
• Myxobacteriales
1. Pseudomonales
Bu grup bakterilerin bir kısmı organik besin maddelerinden yararlanmaksızın karbon gereksinimlerini CO2 özümlemesi ile sağlarlar. Bu işlevde gereken enerji inorganik bileşiklerin oksidasyonuyla sağlanır (kemoototrof veya kemolitotrof). Ototrof yaşayan nitrifikasyon bakterilerinin bir kısmı amonyağı nitrite, diğer bir kısmı da nitriti nitrata oksitleyerek enerji sağlarlar. Hydrogenomonas’lar ise molekül hidrojeni suya çevirerek, kükürt bakterileri de elementel kükürt veya kükürtlü hidrojeni sülfatlara veya sülfirik aside okside ederek yaşarlar. Bu ototrof organizmaların yanında bu ordo içinde organik maddelerin ayrışmasında rol alan Pseudomonas’lar biyokimyasal döngüde önemli bakterilerdir. Bunlar gram negatif, polar kamçılı çubuklardır. Bazı tipleri denitrifikasyonu anaerobik solunum amacı olarak kullanılır. Bu ordoda ayrıca metanı karbon kaynağı olarak kullanan Methanomonas, selülozu ayrıştıran Cellvibrio ve kemolitotrof olarak yaşayan Hydrogenomonas cinsleri sayılabilir.
2. Eubacteriales
Bu ordo çok önemli toprak bakterilerini içeren familyaları kapsar. Bu familyalar içindeki en önemli cinsler; Azotobacter, Rhizobium, Agrobacterium, Chromobacterium sayılabilir. Azotobacter gram negatif, kok ya da çubuk şekilli serbest yaşayan bakteriler olup, atmosfer azotunu kullanabilirler. Rhizobium bakterileri ise simbiyoz yaşayan, aerob, sporsuz çubuk şekilli bakterilerdir. Baklagil köklerinde nodül oluşturan, havanın serbest azotundan yararlanır. Agrobacterium ise gram negatif, sporsuz, kısa çubuklar şeklinde fakültatif anaerob bakterileridir. Agrobacterium radiobacter var. tumefaciens, gal (ağaç uru) oluşturan bir tür olarak bilinir. Bu bakteri suşu Rhizobium legumiosarum bakterisi ile çok yakın bir G-C (guanin-sitozin) ilişkisi gösterir. Bu iki bakteri sadece 3-ketoglikozid üretimi reaksiyonunda birbirinden ayrılır. R. leguminosarum bu reaksiyon bakımından negatiftir. Bu grupta yer alan Chromobacterium ise gram negatif, sporsuz, kısa çubuklar şeklinde olup, fakültatif anaerob ve mor pigment oluşturan bir bakteridir. Bacillus ve Clostridium türleri de toprakta sıkça bulunan mikroorganizmalardır. Bacillus aerob veya fakültatif anaerob, endospor içeren çubuk bakterileridir. Clostridium kuvvetli anaerobik, endospor içeren, moleküler azottan yararlanabilen çubuk şekilli bir toprak mikroorganizmasıdır. Bitki döküntülerinin ayrışması bakımından pektinolitik ve selolitik türler önemli olup, Clostridium felsinum bunlara bir örnektir. Selülotik Clostridium’lar mesofil ya da termofil olarak gruplanabilirler. Her iki gruba ait üyeler selülozu hidrojen, CO2 ve organik asitlere ayrıştırırlar. Termofil türler toprakta ve ayrışan bitki dokuları üzerinde çoğunlukla bulunmamakla birlikte mesofilik türlerin asıl habitatı otçul hayvanların sindirim sistemleridir.
Eubacteriales
Azotobacteraceae
Azotobacter chrococcum
A. agilis
A. indicus
Rhizobiaceae
Rhizobium meliloti
R. leguminosarum
R. phseoli
R. trifoli
R. lupini
R. japonicum
Agrobacterium
Chromobacterium
Achromobacteriaceae
Achromobacter
Flavobacterium
Micrococcaceae
Micrococcus
Sarcina
Corynebacteriaceae
Corynebacterium
Arthrobacter
Bacillaceae
Bacillus
Clostridium
Gram (+) ve Gram (-)
Gram, Danimarkalı fiziçikci. Bakteriler zayıf alkali çözeltide hazırlanmış crystal violet ile boyanmakta ve sabitleştirici olarak iyot çözeltisi ilavesinden sonra alkolle yıkanmakta. Alkol ile rengi giden bakteriler gram (-), boyayı alıkoyanlar ise gram (+) olarak tanımlanmaktadır. Bakterilerin Gram boyama reaksiyonları, onların bazı morfolojik ve ****olojik özellikleriyle uyum göstermektedir. Örneğin; topraktaki kokların çoğu, spor oluşturan çubuklar ve aktinomisetlerin hepsi gram (+)’dır. Buna karşılık sprillum, polar kamçılı spor oluşturmayan çubuklar gram (-)’dir.
3. Myxobacteriales
Bazı myxobakteriler diğer bakterileri çözme (lyses) ve özümleme özelliği gösterirken, diğerleri saprofitiktir. Cytophaga cinsi özellikle selülozun aerob ayrışımında aktif rol oynar. Bu cins içerisinde ayrıca kitin ayrıştıran türlerde vardır. Myxobakteriler toprakta çok yaygın olup, özellikle vejetasyon, gübre, kompost ve çürümekte olan odunsu dokunun ayrışmasında etkilidirler. Bu bakteriler esnek yapılı çubuklar şeklinde olup, kayıcı hareket gösterirler. Chondrococcus, Archamgium ve Polyoungium bu grubun en yaygın örnekleridir. Nemli topraklarda büyük populasyonlar oluştururlar.
Toprak Bakterileri
Toprakta çok sayıda bulunan ve bakteri populasyonunun %90’nını oluşturan cinsler; Pseudomonas, Arthrobacter, Clostridium, Achromabacter, Bacillus, Micrococcus ve Flavobacterium’dur. Bakteriler toprakta genellikle yüzeyde ya da yüzeye çok yakın kısımlarda ve organik dokular (humus) üzerinde kolonize olurlar. Toprak bakterilerinin gerek yoğunluğu ve gerekse bileşimini etkileyen en önemli faktörler;
a. Çevre ve toprak sıcaklığı
b. Organik maddeler
c. İnorganik besin elementleri
d. pH
e. Mevsimler
f. Toprak işleme ve kültürel işlemler
Toprakta mikroorganizmaların faaliyeti için belirli bir nem oranının bulunması gerekir. Her mikrorganizmanın nem oranına tepkisi farklıdır. Toprak suyunun da fazla bulunması toprak havası ve O2 düzeyini etkileyeceğinden aynen su noksanlığında olduğu gibi olumsuz etki yaratır. Bakterilerin optimal su gereksinimleri toprağın su tutma kapasitesinin %50-70’i kadardır. Toprakta su fazlalığı (drenaj bozukluğu, aşırı yağış veya sel) bakteri dağılımında azalmaya neden olur. Bu gibi durumlarda ortamda oksijen azalması aerobik mikroorganizmaların faaliyetlerini etkiler, anaerob bakteri faaliyeti artar ve topraktaki metabolik olaylar yön değiştirir.
Sıcaklık, bütün biyolojik olayları etkiler. Her organizma, optimum sıcaklık isteği farklı olduğundan toprak bakterilerinde bu istekler bakımından 3 farklı grup ayırtedilebilir;
• Psikrofil bakteriler: Gelişme optimumları 0-20 0C
• Mezofil bakteriler: Gelişme optimumları 20-45 0C
• Termofil bakteriler: Gelişme optimumları 45-65 0C
Toprak ortamında organik maddeler bakterilerin gelişiminde rol oynayan en önemli faktörlerden biridir. Hem hayvansal hem de bitkisel kalıntılar heterotrof organizmalar için besin ve enerji kaynağıdır. Topraklardaki bakterinin populasyonlarının büyüklüğü içerdiği organik madde miktarıyla ilgilidir. Yeşil gübre ya da ürün kalıntılarının toprağa gömülmesi derhal mikrobiyal tepkiye neden olur. Bu tepki zaman içmerisinde azalır.
pH, topraktaki H iyonu konsantrasyonu ne kadar artarsa topraktaki bakteriyel komunite büyüklüğü o kadar azalır. Asitli topraklarda yapılan kireçleme bakteri gelişimini uyarır. Genel olarak asit koşullarda mantarlar dominant florayı oluştururken alkali koşullarda bakteriyel formlar daha çok aktivite gösterir.
Toprak işleme, toprağın havalanmasına, organik maddenin üst profilde dağılımına ve nem kapasitesine etki yaptığından toprak mikroorganizmalarının tip ve sayısı üzerine etki yapar.
Mevsimlerin mikroflora üzerine olan etkisi iklime bağlı olarak sıcaklık ve organik madde ile ilgilidir.
Toprağın dominant florası; bakteriler çeşitli şekillerde (taksonomik, morfolojik, ****olojik) sınıflandırıldığı gibi beslenme ortamına yani maksimum gelişmeleri için gereksinimlerine göre de sınıflandırılabilir;
1. Gelişim faktörü istemeyenler
2. Bir ya da daha fazla aminoasiti gereksinenler
3. B vitaminini gereksinenler
4. Hem aminoasit hem de B vitamini isteyenler
5. Kompleks gelişim faktörüne ihtiyaç duyanlar
Bakterilerin yaklaşık 9/10’u maksimum gelişim için gelişim faktörlerine gereksinim duyarlar. Bakterilerin %10’u aminoasit ve bir seri B vitaminlerine, %30’u gelişim faktörlerinin kompleks karışımına gereksinim duyarlar.
Bir organizma gelişmesi için özel bir madde gereksiniyor ve bu madde ortamda bulunmadığı zaman gelişemiyorsa bu tür organizmalara oksotrof organizmalar denir.
Bakteriler enerji ve karbon kaynaklarına göre de sınıflandırılabilir;
• Heterotrofik veya kemoorganotrofik mikroorganizmalar: Bunlar organik besin maddelerini enerji ve karbon kaynağı olarak kullanırlar
• Ototrofik veya litotrofik mikroorganizmalar: Bunlar enerjilerini güneşten (fotoototrof) ya da inorganik bileşiklerin oksidasyonundan, karbonu da CO2 özümlemesinden sağlarlar (kemoototrof, kemolitotrof).
Ototrof bakteriler iki genel tip gösterirler;
• Fotoototroflar (fotolitotrof): Güneş ışığından enerji sağlanır.
• Kemoototroflar (kemolitotrof): Enerji inorganik maddelerin oksidasyonundan sağlanır.
Bazı bakteri cinsleri fotoototrofik özellikler gösterirler. Kemoototrofi ise tarımsal ve ekonomik önemi olan sınırlı bakteri türlerince kullanılan bir beslenme şeklidir. Bazı bakteri türleri zorunlu kemoototrofik özellik gösterirken bazıları fakültatif niteliktedir ve organik karbonu da kullanabilirler. Obligat (zorunlu) kemoototroflar enerji kaynakları oldukça özel olup, sadece bir veya birkaç bileşiği kullanabilirler. Örneğin; nitrit Nitrobacter için amonyum, Nitrosomonas için bazı inorganik kükürt bileşikleri, Thiobacillus türleri için geçerli bileşiklerdir.
• Nitrobacter nitriti nitrata oksitler
• Nitrosomonas amonyomu nitrite oksitler
• Thiobacillus inorganik kükürtlü bileşikleri sülfatlara
• Thiobacillus ferrooxidans ferro demiri (+2 değerli) ferrik (+3 değerli) duruma çevirir.
Heterotrof bakterilerin çoğu basit şekerleri ana karbon ve enerji kaynağı olarak kullanırlar. Heterotrof organizmaların bir grubu C gereksinimini glukoz (dekstroz) ve yağ asitleri gibi küçük organik moleküllerden sağlarken diğer bazıları kompleks besin maddeleri kullanırlar. Mikroorganizmalar arasında en çok ve en hızlı kullanılan karbon kaynağı karbonhidratlardır. Monosakkaritler özellikle heksozlar geniş ölçüde kullanılan bileşiklerdir. Mannitol ve gliserol gibi polihidrik alkollerde aktinomisetler için uygun karbon kaynaklarıdır. Aminoasitlerde mikroorganizmalar tarafından süratle kullanılan karbon kaynaklarıdır. Hidrokarbonlar Corynebacterium, Mycobacterium ve Pseudomonas gibi çeşitli bakteri gruplarınca C kaynağı olarak kullanılır.
Pseudomonas ve aktinomisetler lignin gibi ayrışması zor karmaşık ve aromatik yapı içeren bileşikleri substrat olarak kullanabilirler. Ancak ligninin ayrışmasında en çok Basidiomycetesler baskın rol oynarlar.
Toprakta doğal olarak kullanılmayan ve ancak insanlar tarafından ortama aktarılan peptisit ve deterjan gibi kirleticiler toprakta çeşitli bakteri ve mantar türleri tarafından bir C ve enerji kaynağı olmak üzere ayrıştırılırlar.
Aktinomiset’ler
Prokaryot bakteriler olup, bakterilerle mantar arasında geçiş teşkil ederler. Sistematik olarak bakterilerin Eubacteriales takımında yer alan bu organizmalar hücre yapıları bakımından bakteri özelliği göstermekle birlikte dallanmış miselli bir yapı oluştururlar. Bu prokaryotik organizmaların hücreleri gram (+) olup, 0,5-20 µm çapındadır. Çeşitli tipte spor üretirler. Toprak aktinomisetlerinin çoğu misel oluşturarak (Actinomyces cinsi hariç) gelişirler. Hiflerinin üzerinde konidia denen tek, çift veya zincirler şeklinde eşeysiz sporlar oluştururlar. Toprakta yaşayan bazı türlerinde sporlar sporangiumlar içinde üretilir. Bakteri ordosu içinde bulunmalarına rağmen bazı özellikleri bakımından mantarlara benzerler.
1. Yüksek aktinomisetlerin miselleri mantarlarda olduğu gibi yaygın bir dallanma gösterir.
2. Mantarlar gibi aktinomisetlerde hava miseli ve konidia oluştururlar.
3. Aktinomisetlerin sıvı kültürde gelişmesi, tek hücreli bakterilerin oluşturduğu gibi bulanıklılıkla sonuçlanmaz. Organizma pelley (topak) veya yumaklar meydana getirir. Buna karşılık bazı aktinomisetler hava miselleri oluşturmaz ve Mycobacterium ve Coryneform bakterilerin genel morfolojisini gösterirler.
Aktinomisetlerin çoğunlukla saprofit olarak yaşarlar. Bazı türleri ise hayvan ve bitkilerde hastalık oluşturur. Bu organizmaların kolonileri bakteri kolonilerine benzerse de daha kuru, üzerleri tozlu görünümlü ve opak olmayışlarıyla ayrılır. Koloni dokusu sıkı bir küme oluşturur ve öze ile alınması zordur.
Toprak aktinomisetleri beslenme bakımından geniş adaptasyonlar gösterirler. Bakterilerin ürediği ortamlarda gelişmekle birlikte daha çok alkali ortamlarda iyi gelişme gösterir. Toprak mikroorganizmalarının %10-50’sini oluşturur. Konidiosporlar kurumaya ve diğer çevre koşullarına dayanıklıdır.
Aktinomisetler heterotrofik organizmalar olup, yaşamları topraktaki organik maddelere bağlıdır. C kaynağı olarak organik asit ve şekerleri (polisakkarit), lipid, protein ve alifatik hidrokarbonları kullanırlar. Birçok türü amonyum, nitrat, aminoasitler, pepton ve proteinleri azot kaynağı olarak kullanırlar.
Yine birçok türü, antibiyotik dediğimiz mikrobiyal toksin metabolitleri sentezlemeleri bakımından önemlidir.
Streptomycine, klortetracyline, oksitetracyline ve siklohekzimin gibi önemli antibiyotikler aktinomisetlerden elde edilmiştir. Kompleks organik bileşikleri ayrıştırabilen türleri, ayrışmayan dirençli lignin gibi kompleks yapılı bileşikleri ve doğal koşullarda ayrışmamış olan organik bileşikleri ayrıştırabilirler. Örneğin; Nocardia sentetik kimyasal maddeleri ve ağır hidrokarbonları ayrıştırabilir.
Toprak aktinomisetleri tipik aerobik organizmalardır. Nemli koşullardan ziyade kuru topraklarda daha yaygındır. Bunun yanında çayır koşullarında da aktif florayı oluşturur.
Taksonomi
Ordo: ACTINOMYCETALES
Fam: Actinomycetaceae
Actinomyces, Agromyces, Arachnia, Bacterionema, Bifidobacterium, Rothia,
Fam: Actinoplanaceae
Actinoplanes, Ampullariella, Dactylosporangium, Planobispora, Planomonospora, Spirillospora, Streptosporangium
Fam: Dermatophilaceae
Dermatophilus, Gleodermatophilus
Fam: Frankiaceae
Frankia
Fam: Micromonosporaceae
Micromonosporaceae
Fam: Mycobacteriaceae
Mycobacterium, Mycococcus
Fam: Nocardiaceae
Nocardia, Micropolyspora, Mycobacterium
Fam: Streptomycetaceae
Streptomyces, Microellobosporia, Streptoventiculum
Fam: Thermomonosporaceae
Actinomadura, Microbispora, Saccharomonospora, Thermomonospora
Aktivite ve İşlevleri
Heterotrofik organizmalar oldukları için basit ve kompleks karbon kaynaklarından yararlanabilirler. Streptomisetler kitini ayrıştırır. Kitin ayrıca Micromonospora tarafından da ayrıştırılır. Bu cins aynı zamanda selüloz, glikozid ve hemiselülozun ayrışmasında da etkilerdir. Nocardia ise parafinler, fenoller, steroidler ve pirimidinlerin ayrışmasında işlev görür.
Streptomycetes’lerden pekçok tür hücre dışına enzim salgılayarak bakterileri çözerler (lysis). Aktinomiset’lerin çoğu mezofil (25-30 0C) olup, çok yaygın olmayan termofil formlar 55-60 0C arasında aktiftirler. Termofilik alanlar, toprak, hayvan gübresi ve kompost yığınlarında bulunur.
Toprak Ekosistemindeki İşlevleri
1. Topraktaki dirençli bitki ve hayvan dokularının ayrıştırılması
2. Bitki dokuları ve yaprak döküntülerinin çeşitli formlara dönüştürülmesiyle humus oluşumu
3. Yeşil gübrelerin kompost ve hayvan gübresi yığınlarının olgunlaşması ve transformayonu
4. Toprak kökenli bitki hastalıklarının oluşması. Örneğin; patates uyuzu ve leke hastalığı (S. scabies, S. ipomoeae)
5. Bazı insan ve hayvan enfeksiyonları. Örnek; Nocardia asteroides, N. otitidis-caviarum)
6. Mikrobiyal antopomizm ve toprak komunitelerinin düzenlenmesinde antagonistik etki ile kontrol sağlama. Bu rolleri antibiyotik ve enzim üretme kapasiteleri ile ilgili olup, mantar ve bakterinin çözünmesi veya gelişminin baskı altına alınmasında etken olur.
Aktinomisetleri Etkileyen Çevre Faktörleri
a. Organik maddece zengin topraklarda iyi geliştikleri için toprağa organik madde ilavesi bunları kuvvetle uyarır.
b. Düşük pH derecelerine toleranslı değildir. pH sınırları 6,5-8 arasında değişir. pH sınırları birçok tür için sınırlayıcıdır.
c. Aerob organizmalar oldukları için su ile doygun koşullarda ya da %85-100 su tutma kapasitesine sahip topraklarda zayıf gelişirler.
d. Sıcaklığın 5 0C’den 27 0C’ye doğru artışıyla gelişmeleri hızlanır. 28-37 0C’lerde optimuma ulaşır. Bu mezofilik formlar dışında 55-65 0C’de aktif olan termofilik formları da mevcuttur. 30-65 0C arasında faaliyet gösteren fakültatif termofil formlara da rastlanmaktadır.
Yüksek Protistler
Ökaryotik hücre yapısına sahip organizmalardır. Mevcudiyetine bağlı olarak yüksek protistler fotosentetik algler ve protozoalar ile mantarlar şeklinde sınıflandırılırlar. Mantar ve protozoalar kemotrofik organizmalar olup, yaşam işlevleri için kimyasal enerji kaynaklarına bağımlıdırlar.
Mantarlar
İyi havalanan işlenmiş topraklarda mantarlar toplam mikrobiyal porotoplazmanın büyük bir kısmını oluştururlar. Bu organizmalar özellikle çalılık ve orman topraklarının organik katmanında aktif olup, dominant mikroorganizma durumundadırlar. Özellikle asit karakterli topraklarda mantarlar organik madde ayrışmasının ana unsurlarıdır.
Mantarlar hif denilen mikroskobik dallanmış flamentlerden oluşur ve hifler bir araya gelerek miselleri teşkil ederler. Ancak mantarların hepsi hifli olmayabilir. Çünkü maya olarak bilinen grup üyeleri küresel veya elips şekilli hücrelerden oluşurlar. Mantar hifleri çeşitli eşeysiz sporları oluşturduğu gibi miseller yaşlandığında ya da çevre koşulları uygun olmadığında birçok mantar çekirdek bölünmesiyle oluşan sporlar aracılığıyla eşeysel olarak da üreyebilirler.
Filamentli mantarlar arasında eşysiz üremenin en yaygın yöntemi hiflerin bölünmesidir. Bölünen her parça uygun çevre koşullarında bir birey oluşturma yeteneğindedir. Bazı mantarlar uygunsuz çevre koşularına tepki olarak spor benzeri yapılar oluştururlar. Bunlara arthrospor ya da oidia denir. Ancak mantarların en önemli eşeysiz üreme yöntemi spor oluşmu iledir. Eşeysiz sporlar 2 şekilde oluşturulur;
• Ya sporangiumdenilen keseler içinde (ki burada oluşan sporlara sporangiospor denir.)
• Ya da doğrudan misel üzerinde konidiumlar şeklinde oluşur.
Konidiumlar hareketli olmadığı halde sprangiosporlar bazı türlerde kamçılıdır. Eşysiz sporlara ilave olarak miseller olumsuz koşullara karşı bazı dirençli yapılar oluştururlar. Örneğin; spor veya hif hücrelerinin etrafında koruyucu bir duvar oluşumu görülen chlamydosporlar, küresel bir hif kütlesi halinde sclerotium, çok sayıda hifin agregasyonu ile oluşan rhizomorf yapılar.
Toprak mantarları ya toprak yüzeyini örten döküntü katmanında ya da toprakta yaşayan mantar olarak ekolojik dağılım gösterirler. Aslında bitki döküntü katmanında yaşayan mantar türlerinin önemli bir kısmı bitki üzerinde yaşayan formlardır.
Bitki Üzerindeki Mantarlar
Bitkiler daha tohum halinde iken bir mikrofloraya sahiptirler. Tohum kabuklarına tutunan mantarlar bazı potansiyel patojenleri içerebilir. Bezelye köklerinden 40’dan fazla farklı mantar izole edilmiştir. Örneğin; Phytium, Fusarium, Gliocladium, Mortierella.
Bazı mantarlar bitkilerin yaprak dokusu üzerinde kolonize olup, dökülme ile birlikte toprağın döküntü katmanına geçerler. Örneğin Cladosporium sp., Alternaria alternata, Botrytis cinerea.

aLinti..
1. Toprak nemi
Yağmur suları topraktan yıkandıktan sonra toprak porları yeniden havayla dolar. Drenajı takiben toprak nemi, toprak partiküllerinin tutma kuvveti ile yerçekimi arasında oluşan denge sonucu daha stabil hale gelir. Gerek bitki gerekse mikroorganizmaların ideal nem koşullarını gösteren bu denge düzeyine tarla kapasitesi denir. Toprak kurudukça içerdiği nem, bitki ve pek çok mikroorganimanın yararlanamayacağı bir düzeye kadar azalır ki bu noktaya solma noktası denir. Mikrobiyal hücrelerin çoğu toprağın kuruması sırasında ölmektedir. Ancak bu koşullara dayanıklı olan türler ortamda kalabilmektedir. Mikroorganizmalar kuraklığa karşı farklı direnç ve tepki gösterirler. Örneğin Bacillus cereus mycoides optimum gelişmesini toprakta 20-40 µm su filmi kalınlığında yapabilmektedir.
2. Toprak Porları
Toprak partikülleri arasındaki boşluklar yani porlar toplamı toprak hacminin hemen hemen yarısını kaplar. Bitki örtüsü ve toprağa yapılan uygulamalar toprağın por hacmini etkiler. Porların büyüklükleri topraktaki hayvan ve mikroorganizmaların gelişimi ve dağılımını etkiler. Por büyüklüğü bakteri ve aktinomiset’lerden ziyade mantarlar üzerinde daha çok etkilidir. Örneğin Pythium ultinum 2,7-200 µm por çapında vejetatif gelişmesini gerçekleştirebildiği halde eşeysel çoğalmasının 15 µm por çapında azaldığı gözlenmiştir. Mikroorganizmalar porlar içinde bulunduğu kadar partiküllerin birleşmesiyle oluşan toprak kümelerinin (agregatların) içinde de bulunabilir. Toprak agregatlarının (topak-küme) oluşumunda çeşitli türden mikroorganizmalar rol oynarlar.
3. Toprak Havası
Mikroorganizmalar, toprak havasındaki gazların konsantrasyonlarının değişimine çok farklı tepkiler gösterirler. Bazı bakteriler kuvvetli anaerob olduklarından oksijen varlığında gelişemezler (Örnek: Clostridium botulinum). Bunun aksine Pseudomonas flourescens ve aktinomiset’lerin çoğu kuvvetli oksijenli koşulları tercih ederler. Toprak havasının bileşimi atmosferdekinden oldukça farklıdır. Bitki kökleri ve diğer canlıların O2 tüketip, CO2 üretmeleri nedeniyle toprak havası %0,17-0,25 arasında CO2 içerir. Halbuki havada bu oran %0,03’tür. Nemli topraklarda O2 difüzyonunun azalmasından dolayı mikrobiyal aktivitenin yoğunluğuna bağlı olarak kısa süreler için CO2 düzeyi %10’u aşabilir. Bir vejetasyon süresi içerisinde toprakta oluşan CO2 miktarı 12 000 kg/ha’dır. Bu miktarın 2/3 mikroorganizmaların, 1/3 ise bitki köklerinin faaliyeti sonucu oluşmaktadır.
Toprak havası, su buharı ile doygun olup, ayrıca mikrobiyal aktivite sonucu oluşan amonyak, metan ve diğer uçucu maddeleri de içerir. Bunlar toprak suyunda çözünmüş halde de bulunurlar. Havalanmanın uygun olmadığı koşullarda, bitkilerin biyolojik aktiviteleri azaldığından azot ve kükürt bakterilerinin gelişimi engellenmektedir.
Anaerob koşullarda yaşayan mikroorganizmaların metabolik faaliyetleri sonucu toprakta diğer canlılar için toksik nitelikli maddeler oluşmaktadır.
Örneğin; karbon mineralizasyonu sonucu CO2 yanında çeşitli organik asitler (süt asidi, yağ asidi, limon asidi vs.) oluşmakta ve CH4, H2S gibi fitotoksik maddeler ortaya çıkmaktadır. Bu metabolitler ile oksijen yetmezliğinin oluşturduğu olumsuz koşullarda bitki kök gelişimi azalmakta ve buna bağlı su ve besin maddesi alımının azalmasından kaynaklanan gelişim bozuklukları ortaya çıkmaktadır.
Bazı toprak mikroorganizmaları ise aerob olmalarına karşın düşük O2 basıncı düzeylerinde iyi gelişebilmektedir. Bu tür organizmalara mikroaerofil organizmalar denir. Topraklarda ortaya çıkan anaerobik koşullarda nitrat ve fosfatlar gibi yarayışlı besin maddeleri azalarak sülfitler ve 2 değerli indirgenmiş Fe gibi maddelerde artış görülür. Topraklarda aerobik ve anaerobik koşullar çok dar bir ayırım gösterir. Bazı durumlarda aerob metabolizmadan anaerob metabolizmaya dönüşüm görülür. Örneğin; aerob koşullarda topraklardaki selüloz ayrışması CO2 ve H2O oluşumu ile sonlanırken, anaerobik koşullarda asetik ve formik asit gibi organik asitler birikir.
Bitkilerin kök bölgelerinde topraktaki yapısal bozulma nedeniyle ortaya çıkan anaerobik cepler çeşitli olumsuz etkiler yaratır. Bunlar;
• Bitkilerdeki ****olojik olaylarda O2 yetersizliği
• Bitki gelişimini etkileyen faktörlerde değişim
• Bitki kök bölgelerinde fitotoksik maddeler oluşturan patojen ve saprofit populasyonlarda değişim
Toprak porları bloke olduğunda, kök çevresindeki aktif mikrobiyal metabolizma ya da bitki kalıntılarının ayrışması bu ceplerde O2 yokluğuna neden olur.
Topraktaki organik maddeler, inorganik partiküller ve mikroorganizmaların etrafını sarar. Bu maddeler yapıştırıcı özellikte olduklarından mikroorganizmalar toprak strüktürünün ana oluşumcularıdır.
Toprakta oluşan agregatlar ve bunların oluşturduğu por büyüklükleri toprak havalanmasında son derece önemlidir. Porların bir kısmı kapalı olduğu halde açık olanlar gaz difüzyonuna imkan sağlar. Suyun varlığı ve miktarı porlardaki faz oranını etkiler.
Topraktaki suya dirençli agregatların artışı toprak biyokütlesinin artışına paralel olarak artar. Bakteri ve mantarlar bu özelliği artırırken Mucor heamalis gibi toprak mantarlarının hifleri agregasyonu önlemektedir.
• Laterit: Tropik iklimlerde kırmızı renkli topraklar. Bol yağış ve sıcaklık nedeniyle SiO2 kaybolmakta, buna karşılık Al ve FeO2‘ler şiddetli buharlaşma nedeniyle üst horizonlarda birikmektedir. Bu topraklar granit ana maddesinden oluşur (Fe, Al ↑).
• Podzal: İklimin soğuk ve yağışlı olduğu ve ölü örtünün asidik olduğu yetişme ortamlarında ölü örtü ayrışması güçleşir ve mineral toprak üstünde kalın bir organik madde tabakası oluşur. Bu tabakadaki humus asitleri ve organik asitlerle Fe ve AlO2’ler aşağı doğru yıkanır ve kül renkli bir horizon meydana gelir (Fe, Al ↓).
Şist: Yaprak halinde parçalanan kaya.
• Çernozyon: Kara topraklar. Yeterli nem ve uygun sıcaklık koşullarının humus oluşumu ve mineral ayrışmasını ilerlettiği fakat aşırı yıkanmanın olmadığı koşullarda oluşur. Düşük yağışlı çayır, step, preri bölgelerinin topraklarıdır.

Tarla Kapasitesi: Toprak suyla doygun hale geldikten sonra toprak taneciklerinin yerçekimine karşı tuttuğu su miktarı.
4. Toprak Strüktürü
Toprağı oluşturan kum, silt ve kil gibi inorganik bileşenlerin büyüklüğü mikroorganizmalar ve bitki kökleriyle ilişkilidir. Kül partikülleri büyüklük bakımından bakteriyel hücrelere benzemekle beraber çok daha küçük de olabilirler.
İnorganik bileşikler Çapları (µm)
Kum 50-200
Silt 2-50
Kil 2
Mikroorganizmalar
Bakteri 0,5-1,0
Aktinomycetes 1,0-1,5
Mantar 0,3-10
Killer ve mikrobiyal hücreler arasında karşılıklı etkileşimler mevcuttur. Bakterilerin çoğunluğu ve kil mineralleri elektronegatif özellikler gösterirler. Toprak bakterileri sadece kil partikülleri ile etkileşim halindedir. Çünkü her ikisinin de üzerindeki yükler polarize olarak veya metal iyonları ile köprüler kurarak etkileşirler. Killer mikroorganizmalara yapıştıklarında onların aktiviteleri üzerine çok değişik etkiler yapar.
5. Toprak Reaksiyonu ve Mikroflora
Toprak pH’sı besin iyonlarının topraktaki davranışları (çözünürlük, yarayışlılık, toksisite vd.) topraktaki enzimatik ve mikrobiyal reaksiyonların yönünü etkilemesi açısından en önemli toprak özelliğidir. Mikrobiyal sitoplazmanın pH düzeyi yaklaşık olarak nötraldir. Bu nedenle toprak mikroorganizmaları en iyi pH 7 civarında gelişme gösterirler. Ancak istisnai durumlarda mevcuttur. Örneğin Thiobacillus bakterileri pH 6 düzeyinde yaşayabilen asidofilik organizmalardır.
Genel olarak toprak bakteri ve aktinomisetleri asit koşullara karşı mantarlardan az töleranslıdır. Mantarların pekçok türü podzal topraklar gibi asit koşullarda (pH 3) gelişebilir ve dominant florayı oluşturabilir.
Topraklarda küçük partiküller çevresindeki pH koşulları toprağın genel pH’sından biraz farklı olabilir. Örneğin; negatif yüklü kolloidal kil partikülleri etraflarında H+ iyonları ve mikroorganizmalar tarafından salınan enzimleri adsorbe ederek toprak çözeltisinden daha düşük bir pH oluşumuna neden olurlar. Bunun terside olabilir. Örneğin; organik madde parçacıkları etrafında amonyağın tutulması nedeniyle bunların çevresinde pH artışı olabilir.
6. Toprak Sıcaklığı
Toprak organizmaları güneş ışıması, toprak rengi, topoğrafya, yön, bitki örtüsü, toprak-su bilançosu gibi faktörlere bağlı olarak ortaya çıkan sıcaklık faktörü ile yakından ilgilidirler.
Doğada cereyan eden bütün biyolojik, kimyasal ve fiziksel olaylar belirli enerji dönüşümleri sonucunda meydana gelir. Belirli sıcaklık derecesi özellikle biyolojik varlıkların optimum gelişmesi için gereklidir. Toprakta yaşayan bazı bakteri türlerinin aktiviteleri sıcaklıkla yakından ilgilidir. Örneğin; azot döngüsünde nitrifikasyon bakterilerinin optimal faaliyetleri 25-30 0C arasında olup, bu derecelerin 4,5-5 0C altına düşmesi ile aktiviteleri durur. Toprak faunasının da aktivitesi ve gelişmesi toprak sıcaklığıyla yakından ilgilidir.
Toprak mikroorganizmaları optimum gelişme bakımından mezofil (gelişme optimumu 25-37 0C) karekterdedir (psikrofil 5 0C’nin altında, mezofil 25-37 0C, termofil 55-65 0C optimum olanlar). Ancak çok değişik tiplerine de rastlanır. Örneğin birçok topraktan termofilik organizmaları izole etmek mümkün olabildiği gibi eksterm düzeyde soğuk topraklarda mezofilik organizmalara rastlamak mümkündür. Toprak sıcaklığı mikrofloranın genel metabolik aktivitesine belirgin bir etki yapmakla beraber çoğunlukla öldürücü etki yapmaz. Toprak organizmalarının toprak profilindeki durumları ve toprak üstündeki iklim koşulların etki derecesini belirleyen faktörlerdir.
Canlılar Alemi

Hayvanlar Bitkiler Protistler

Prokaryotlar Ökaryotlar
Bakteriler Algler
Mavi Algler Mantarlar
Protozoa’lar
Toprak Organizmaları
Toprak mikroorganizmalarının tümü edafon olarak bilinir. Organizasyon niteliklerine bakılmaksızın toprak biotası aşağıdaki bölümlere ayrılabilir;
• Mikrobiota: Algler, protozoa, mantar ve bakteriler.
• Mezobiota: Nematod’lar, küçük arthropod’lar ve enchytroeid (saksı) kurtları, kollemboller.
• Makrobiota: Yer solucanları, yumuşakçalar, büyük enchytroeid’ler ve arthropod’lar.
Toprak Canlıları (Edafon)
Toprak Faunası Toprak Florası
Protista (Mikroorganizmalar)

Çok Hücreliler Tek Hücreliler
(Metazoa) (Protozoa) Yüksek Protistler Alçak Protistler
(Eukaryotlar) (Prokaryotlar)

Mantar Alg Bakteri Mavi ve Algler
Aktinomisetler


Toprak mikroorganizmaları içinde bakteri ve mantarlar en ilgi çeken organizmalardır. Bunun nedeni karasal ekosistemlerdeki enerji akışı ve besin maddesi aktarımının büyük kısmının bu organizma gruplarınca gerçekleştirilmesinden kaynaklanmaktadır.
Mikroorganizmalar biyolojik organizasyonları nedeniyle bitki ve hayvanlardan ayrı bir grup halinde protista adı altında toplanmıştır. Bu grubun üyeleri tek hücreli veya sönositik (yaşam döngüleri sırasında hücresel strüktüre sahip olduğu dönemler gösteren çok çekirdekli fakat çok hücreli olmayan) veya çok hücreli olduklarında olgun dönemlerindeki bitki ve hayvan dokularının özelliklerinden farklılık gösteren canlılardır.

Protista’ların Sınıflandırılması
Bakteriler
Bu organizmalar topraklarda sayı, faaliyet ve ekolojik etkileri bakımından en önemli grubu oluşturur. Topraktan izole edilen bakteriler iki ana grup altında toplanır;
a. Yerli organizmalar (otokton, indigenous)
b. Dıştan gelen organizmalar (allokton)
Yerli populasyonlar komunitelerin biyokimyasal işlevlerine katılan, uzun süre metabolik aktivite göstermeksizin dirençli formlar halinde toprakta barınabilen türlerdir. Allokton türler ise komunite faaliyetlerine önemli düzeyde katılmazlar. Bu organizmalar hava hareketleri, yağış sonucu veya hayvan gübresi, atık çamurlar ve hastalıklı dokular yoluyla ortama girerler ve bir süre ortamda bulunabilirler. Hatta kısa bir süre için çoğalabilirler fakat asla önemli bir ekolojik işlevi olan dönüşüm (transformasyon) ve interaksiyon (etkileşim) göstermezler. Yerli populasyonlar arasında bulunan bazı türler, hızlı yararlanılabilen organik besin maddeleri ilave edildiği zaman hızla gelişen organizmalardır. Bu nedenle toprak uygulamalarına karşı süratle tepki verirler. Bu grup besin kaynakları azaldığı zaman, sayılarını süratle azaltırlar. Diğer bazı yerli populasyonlar ise toprağın organik maddesini, dirençli bitki dokularını ve diğer mikrobiyal hücreleri besin maddeleri daha az yararlanılabilir olduğundan bu tür organizmalar yavaş gelişirler.
Bakteriler, sistematik veya taksonomik esaslara göre sınıflandıralabileceği gibi ****olojik özelliklerine (beslenme, metabolik özellikleri, enerji kaynakları) ve hücre yapısına göre de sınıflandırılabilir. Morfolojik olarak çubuk şeklinde olanlar en yaygın olanlardır (spiral ve yuvarlak “cocci” olanların yanında). Çubuk bakterilerin bazıları uygun olmayan koşullara dirençlidir. Böyle durumlarda yaşam döngülerinin bir kısmını spor olarak geçiririler. Özellikle çubuk bakterilerinin oluşturdukları endospor bu çevre koşullarına karşı son derece dirençlidir. Bergey’e göre bakterilerin Shizomycetes sınıfına dahil edilirler. Bu sınıfın 13 ordosu bulunmasına rağmen toprakta en çok rastlananları çoğunluk 3 ordo içinde toplanır;
• Pseudomonales
• Eubacterioles
• Myxobacteriales
1. Pseudomonales
Bu grup bakterilerin bir kısmı organik besin maddelerinden yararlanmaksızın karbon gereksinimlerini CO2 özümlemesi ile sağlarlar. Bu işlevde gereken enerji inorganik bileşiklerin oksidasyonuyla sağlanır (kemoototrof veya kemolitotrof). Ototrof yaşayan nitrifikasyon bakterilerinin bir kısmı amonyağı nitrite, diğer bir kısmı da nitriti nitrata oksitleyerek enerji sağlarlar. Hydrogenomonas’lar ise molekül hidrojeni suya çevirerek, kükürt bakterileri de elementel kükürt veya kükürtlü hidrojeni sülfatlara veya sülfirik aside okside ederek yaşarlar. Bu ototrof organizmaların yanında bu ordo içinde organik maddelerin ayrışmasında rol alan Pseudomonas’lar biyokimyasal döngüde önemli bakterilerdir. Bunlar gram negatif, polar kamçılı çubuklardır. Bazı tipleri denitrifikasyonu anaerobik solunum amacı olarak kullanılır. Bu ordoda ayrıca metanı karbon kaynağı olarak kullanan Methanomonas, selülozu ayrıştıran Cellvibrio ve kemolitotrof olarak yaşayan Hydrogenomonas cinsleri sayılabilir.
2. Eubacteriales
Bu ordo çok önemli toprak bakterilerini içeren familyaları kapsar. Bu familyalar içindeki en önemli cinsler; Azotobacter, Rhizobium, Agrobacterium, Chromobacterium sayılabilir. Azotobacter gram negatif, kok ya da çubuk şekilli serbest yaşayan bakteriler olup, atmosfer azotunu kullanabilirler. Rhizobium bakterileri ise simbiyoz yaşayan, aerob, sporsuz çubuk şekilli bakterilerdir. Baklagil köklerinde nodül oluşturan, havanın serbest azotundan yararlanır. Agrobacterium ise gram negatif, sporsuz, kısa çubuklar şeklinde fakültatif anaerob bakterileridir. Agrobacterium radiobacter var. tumefaciens, gal (ağaç uru) oluşturan bir tür olarak bilinir. Bu bakteri suşu Rhizobium legumiosarum bakterisi ile çok yakın bir G-C (guanin-sitozin) ilişkisi gösterir. Bu iki bakteri sadece 3-ketoglikozid üretimi reaksiyonunda birbirinden ayrılır. R. leguminosarum bu reaksiyon bakımından negatiftir. Bu grupta yer alan Chromobacterium ise gram negatif, sporsuz, kısa çubuklar şeklinde olup, fakültatif anaerob ve mor pigment oluşturan bir bakteridir. Bacillus ve Clostridium türleri de toprakta sıkça bulunan mikroorganizmalardır. Bacillus aerob veya fakültatif anaerob, endospor içeren çubuk bakterileridir. Clostridium kuvvetli anaerobik, endospor içeren, moleküler azottan yararlanabilen çubuk şekilli bir toprak mikroorganizmasıdır. Bitki döküntülerinin ayrışması bakımından pektinolitik ve selolitik türler önemli olup, Clostridium felsinum bunlara bir örnektir. Selülotik Clostridium’lar mesofil ya da termofil olarak gruplanabilirler. Her iki gruba ait üyeler selülozu hidrojen, CO2 ve organik asitlere ayrıştırırlar. Termofil türler toprakta ve ayrışan bitki dokuları üzerinde çoğunlukla bulunmamakla birlikte mesofilik türlerin asıl habitatı otçul hayvanların sindirim sistemleridir.
Eubacteriales
Azotobacteraceae
Azotobacter chrococcum
A. agilis
A. indicus
Rhizobiaceae
Rhizobium meliloti
R. leguminosarum
R. phseoli
R. trifoli
R. lupini
R. japonicum
Agrobacterium
Chromobacterium
Achromobacteriaceae
Achromobacter
Flavobacterium
Micrococcaceae
Micrococcus
Sarcina
Corynebacteriaceae
Corynebacterium
Arthrobacter
Bacillaceae
Bacillus
Clostridium
Gram (+) ve Gram (-)
Gram, Danimarkalı fiziçikci. Bakteriler zayıf alkali çözeltide hazırlanmış crystal violet ile boyanmakta ve sabitleştirici olarak iyot çözeltisi ilavesinden sonra alkolle yıkanmakta. Alkol ile rengi giden bakteriler gram (-), boyayı alıkoyanlar ise gram (+) olarak tanımlanmaktadır. Bakterilerin Gram boyama reaksiyonları, onların bazı morfolojik ve ****olojik özellikleriyle uyum göstermektedir. Örneğin; topraktaki kokların çoğu, spor oluşturan çubuklar ve aktinomisetlerin hepsi gram (+)’dır. Buna karşılık sprillum, polar kamçılı spor oluşturmayan çubuklar gram (-)’dir.
3. Myxobacteriales
Bazı myxobakteriler diğer bakterileri çözme (lyses) ve özümleme özelliği gösterirken, diğerleri saprofitiktir. Cytophaga cinsi özellikle selülozun aerob ayrışımında aktif rol oynar. Bu cins içerisinde ayrıca kitin ayrıştıran türlerde vardır. Myxobakteriler toprakta çok yaygın olup, özellikle vejetasyon, gübre, kompost ve çürümekte olan odunsu dokunun ayrışmasında etkilidirler. Bu bakteriler esnek yapılı çubuklar şeklinde olup, kayıcı hareket gösterirler. Chondrococcus, Archamgium ve Polyoungium bu grubun en yaygın örnekleridir. Nemli topraklarda büyük populasyonlar oluştururlar.
Toprak Bakterileri
Toprakta çok sayıda bulunan ve bakteri populasyonunun %90’nını oluşturan cinsler; Pseudomonas, Arthrobacter, Clostridium, Achromabacter, Bacillus, Micrococcus ve Flavobacterium’dur. Bakteriler toprakta genellikle yüzeyde ya da yüzeye çok yakın kısımlarda ve organik dokular (humus) üzerinde kolonize olurlar. Toprak bakterilerinin gerek yoğunluğu ve gerekse bileşimini etkileyen en önemli faktörler;
a. Çevre ve toprak sıcaklığı
b. Organik maddeler
c. İnorganik besin elementleri
d. pH
e. Mevsimler
f. Toprak işleme ve kültürel işlemler
Toprakta mikroorganizmaların faaliyeti için belirli bir nem oranının bulunması gerekir. Her mikrorganizmanın nem oranına tepkisi farklıdır. Toprak suyunun da fazla bulunması toprak havası ve O2 düzeyini etkileyeceğinden aynen su noksanlığında olduğu gibi olumsuz etki yaratır. Bakterilerin optimal su gereksinimleri toprağın su tutma kapasitesinin %50-70’i kadardır. Toprakta su fazlalığı (drenaj bozukluğu, aşırı yağış veya sel) bakteri dağılımında azalmaya neden olur. Bu gibi durumlarda ortamda oksijen azalması aerobik mikroorganizmaların faaliyetlerini etkiler, anaerob bakteri faaliyeti artar ve topraktaki metabolik olaylar yön değiştirir.
Sıcaklık, bütün biyolojik olayları etkiler. Her organizma, optimum sıcaklık isteği farklı olduğundan toprak bakterilerinde bu istekler bakımından 3 farklı grup ayırtedilebilir;
• Psikrofil bakteriler: Gelişme optimumları 0-20 0C
• Mezofil bakteriler: Gelişme optimumları 20-45 0C
• Termofil bakteriler: Gelişme optimumları 45-65 0C
Toprak ortamında organik maddeler bakterilerin gelişiminde rol oynayan en önemli faktörlerden biridir. Hem hayvansal hem de bitkisel kalıntılar heterotrof organizmalar için besin ve enerji kaynağıdır. Topraklardaki bakterinin populasyonlarının büyüklüğü içerdiği organik madde miktarıyla ilgilidir. Yeşil gübre ya da ürün kalıntılarının toprağa gömülmesi derhal mikrobiyal tepkiye neden olur. Bu tepki zaman içmerisinde azalır.
pH, topraktaki H iyonu konsantrasyonu ne kadar artarsa topraktaki bakteriyel komunite büyüklüğü o kadar azalır. Asitli topraklarda yapılan kireçleme bakteri gelişimini uyarır. Genel olarak asit koşullarda mantarlar dominant florayı oluştururken alkali koşullarda bakteriyel formlar daha çok aktivite gösterir.
Toprak işleme, toprağın havalanmasına, organik maddenin üst profilde dağılımına ve nem kapasitesine etki yaptığından toprak mikroorganizmalarının tip ve sayısı üzerine etki yapar.
Mevsimlerin mikroflora üzerine olan etkisi iklime bağlı olarak sıcaklık ve organik madde ile ilgilidir.
Toprağın dominant florası; bakteriler çeşitli şekillerde (taksonomik, morfolojik, ****olojik) sınıflandırıldığı gibi beslenme ortamına yani maksimum gelişmeleri için gereksinimlerine göre de sınıflandırılabilir;
1. Gelişim faktörü istemeyenler
2. Bir ya da daha fazla aminoasiti gereksinenler
3. B vitaminini gereksinenler
4. Hem aminoasit hem de B vitamini isteyenler
5. Kompleks gelişim faktörüne ihtiyaç duyanlar
Bakterilerin yaklaşık 9/10’u maksimum gelişim için gelişim faktörlerine gereksinim duyarlar. Bakterilerin %10’u aminoasit ve bir seri B vitaminlerine, %30’u gelişim faktörlerinin kompleks karışımına gereksinim duyarlar.
Bir organizma gelişmesi için özel bir madde gereksiniyor ve bu madde ortamda bulunmadığı zaman gelişemiyorsa bu tür organizmalara oksotrof organizmalar denir.
Bakteriler enerji ve karbon kaynaklarına göre de sınıflandırılabilir;
• Heterotrofik veya kemoorganotrofik mikroorganizmalar: Bunlar organik besin maddelerini enerji ve karbon kaynağı olarak kullanırlar
• Ototrofik veya litotrofik mikroorganizmalar: Bunlar enerjilerini güneşten (fotoototrof) ya da inorganik bileşiklerin oksidasyonundan, karbonu da CO2 özümlemesinden sağlarlar (kemoototrof, kemolitotrof).
Ototrof bakteriler iki genel tip gösterirler;
• Fotoototroflar (fotolitotrof): Güneş ışığından enerji sağlanır.
• Kemoototroflar (kemolitotrof): Enerji inorganik maddelerin oksidasyonundan sağlanır.
Bazı bakteri cinsleri fotoototrofik özellikler gösterirler. Kemoototrofi ise tarımsal ve ekonomik önemi olan sınırlı bakteri türlerince kullanılan bir beslenme şeklidir. Bazı bakteri türleri zorunlu kemoototrofik özellik gösterirken bazıları fakültatif niteliktedir ve organik karbonu da kullanabilirler. Obligat (zorunlu) kemoototroflar enerji kaynakları oldukça özel olup, sadece bir veya birkaç bileşiği kullanabilirler. Örneğin; nitrit Nitrobacter için amonyum, Nitrosomonas için bazı inorganik kükürt bileşikleri, Thiobacillus türleri için geçerli bileşiklerdir.
• Nitrobacter nitriti nitrata oksitler
• Nitrosomonas amonyomu nitrite oksitler
• Thiobacillus inorganik kükürtlü bileşikleri sülfatlara
• Thiobacillus ferrooxidans ferro demiri (+2 değerli) ferrik (+3 değerli) duruma çevirir.
Heterotrof bakterilerin çoğu basit şekerleri ana karbon ve enerji kaynağı olarak kullanırlar. Heterotrof organizmaların bir grubu C gereksinimini glukoz (dekstroz) ve yağ asitleri gibi küçük organik moleküllerden sağlarken diğer bazıları kompleks besin maddeleri kullanırlar. Mikroorganizmalar arasında en çok ve en hızlı kullanılan karbon kaynağı karbonhidratlardır. Monosakkaritler özellikle heksozlar geniş ölçüde kullanılan bileşiklerdir. Mannitol ve gliserol gibi polihidrik alkollerde aktinomisetler için uygun karbon kaynaklarıdır. Aminoasitlerde mikroorganizmalar tarafından süratle kullanılan karbon kaynaklarıdır. Hidrokarbonlar Corynebacterium, Mycobacterium ve Pseudomonas gibi çeşitli bakteri gruplarınca C kaynağı olarak kullanılır.
Pseudomonas ve aktinomisetler lignin gibi ayrışması zor karmaşık ve aromatik yapı içeren bileşikleri substrat olarak kullanabilirler. Ancak ligninin ayrışmasında en çok Basidiomycetesler baskın rol oynarlar.
Toprakta doğal olarak kullanılmayan ve ancak insanlar tarafından ortama aktarılan peptisit ve deterjan gibi kirleticiler toprakta çeşitli bakteri ve mantar türleri tarafından bir C ve enerji kaynağı olmak üzere ayrıştırılırlar.
Aktinomiset’ler
Prokaryot bakteriler olup, bakterilerle mantar arasında geçiş teşkil ederler. Sistematik olarak bakterilerin Eubacteriales takımında yer alan bu organizmalar hücre yapıları bakımından bakteri özelliği göstermekle birlikte dallanmış miselli bir yapı oluştururlar. Bu prokaryotik organizmaların hücreleri gram (+) olup, 0,5-20 µm çapındadır. Çeşitli tipte spor üretirler. Toprak aktinomisetlerinin çoğu misel oluşturarak (Actinomyces cinsi hariç) gelişirler. Hiflerinin üzerinde konidia denen tek, çift veya zincirler şeklinde eşeysiz sporlar oluştururlar. Toprakta yaşayan bazı türlerinde sporlar sporangiumlar içinde üretilir. Bakteri ordosu içinde bulunmalarına rağmen bazı özellikleri bakımından mantarlara benzerler.
1. Yüksek aktinomisetlerin miselleri mantarlarda olduğu gibi yaygın bir dallanma gösterir.
2. Mantarlar gibi aktinomisetlerde hava miseli ve konidia oluştururlar.
3. Aktinomisetlerin sıvı kültürde gelişmesi, tek hücreli bakterilerin oluşturduğu gibi bulanıklılıkla sonuçlanmaz. Organizma pelley (topak) veya yumaklar meydana getirir. Buna karşılık bazı aktinomisetler hava miselleri oluşturmaz ve Mycobacterium ve Coryneform bakterilerin genel morfolojisini gösterirler.
Aktinomisetlerin çoğunlukla saprofit olarak yaşarlar. Bazı türleri ise hayvan ve bitkilerde hastalık oluşturur. Bu organizmaların kolonileri bakteri kolonilerine benzerse de daha kuru, üzerleri tozlu görünümlü ve opak olmayışlarıyla ayrılır. Koloni dokusu sıkı bir küme oluşturur ve öze ile alınması zordur.
Toprak aktinomisetleri beslenme bakımından geniş adaptasyonlar gösterirler. Bakterilerin ürediği ortamlarda gelişmekle birlikte daha çok alkali ortamlarda iyi gelişme gösterir. Toprak mikroorganizmalarının %10-50’sini oluşturur. Konidiosporlar kurumaya ve diğer çevre koşullarına dayanıklıdır.
Aktinomisetler heterotrofik organizmalar olup, yaşamları topraktaki organik maddelere bağlıdır. C kaynağı olarak organik asit ve şekerleri (polisakkarit), lipid, protein ve alifatik hidrokarbonları kullanırlar. Birçok türü amonyum, nitrat, aminoasitler, pepton ve proteinleri azot kaynağı olarak kullanırlar.
Yine birçok türü, antibiyotik dediğimiz mikrobiyal toksin metabolitleri sentezlemeleri bakımından önemlidir.
Streptomycine, klortetracyline, oksitetracyline ve siklohekzimin gibi önemli antibiyotikler aktinomisetlerden elde edilmiştir. Kompleks organik bileşikleri ayrıştırabilen türleri, ayrışmayan dirençli lignin gibi kompleks yapılı bileşikleri ve doğal koşullarda ayrışmamış olan organik bileşikleri ayrıştırabilirler. Örneğin; Nocardia sentetik kimyasal maddeleri ve ağır hidrokarbonları ayrıştırabilir.
Toprak aktinomisetleri tipik aerobik organizmalardır. Nemli koşullardan ziyade kuru topraklarda daha yaygındır. Bunun yanında çayır koşullarında da aktif florayı oluşturur.
Taksonomi
Ordo: ACTINOMYCETALES
Fam: Actinomycetaceae
Actinomyces, Agromyces, Arachnia, Bacterionema, Bifidobacterium, Rothia,
Fam: Actinoplanaceae
Actinoplanes, Ampullariella, Dactylosporangium, Planobispora, Planomonospora, Spirillospora, Streptosporangium
Fam: Dermatophilaceae
Dermatophilus, Gleodermatophilus
Fam: Frankiaceae
Frankia
Fam: Micromonosporaceae
Micromonosporaceae
Fam: Mycobacteriaceae
Mycobacterium, Mycococcus
Fam: Nocardiaceae
Nocardia, Micropolyspora, Mycobacterium
Fam: Streptomycetaceae
Streptomyces, Microellobosporia, Streptoventiculum
Fam: Thermomonosporaceae
Actinomadura, Microbispora, Saccharomonospora, Thermomonospora
Aktivite ve İşlevleri
Heterotrofik organizmalar oldukları için basit ve kompleks karbon kaynaklarından yararlanabilirler. Streptomisetler kitini ayrıştırır. Kitin ayrıca Micromonospora tarafından da ayrıştırılır. Bu cins aynı zamanda selüloz, glikozid ve hemiselülozun ayrışmasında da etkilerdir. Nocardia ise parafinler, fenoller, steroidler ve pirimidinlerin ayrışmasında işlev görür.
Streptomycetes’lerden pekçok tür hücre dışına enzim salgılayarak bakterileri çözerler (lysis). Aktinomiset’lerin çoğu mezofil (25-30 0C) olup, çok yaygın olmayan termofil formlar 55-60 0C arasında aktiftirler. Termofilik alanlar, toprak, hayvan gübresi ve kompost yığınlarında bulunur.
Toprak Ekosistemindeki İşlevleri
1. Topraktaki dirençli bitki ve hayvan dokularının ayrıştırılması
2. Bitki dokuları ve yaprak döküntülerinin çeşitli formlara dönüştürülmesiyle humus oluşumu
3. Yeşil gübrelerin kompost ve hayvan gübresi yığınlarının olgunlaşması ve transformayonu
4. Toprak kökenli bitki hastalıklarının oluşması. Örneğin; patates uyuzu ve leke hastalığı (S. scabies, S. ipomoeae)
5. Bazı insan ve hayvan enfeksiyonları. Örnek; Nocardia asteroides, N. otitidis-caviarum)
6. Mikrobiyal antopomizm ve toprak komunitelerinin düzenlenmesinde antagonistik etki ile kontrol sağlama. Bu rolleri antibiyotik ve enzim üretme kapasiteleri ile ilgili olup, mantar ve bakterinin çözünmesi veya gelişminin baskı altına alınmasında etken olur.
Aktinomisetleri Etkileyen Çevre Faktörleri
a. Organik maddece zengin topraklarda iyi geliştikleri için toprağa organik madde ilavesi bunları kuvvetle uyarır.
b. Düşük pH derecelerine toleranslı değildir. pH sınırları 6,5-8 arasında değişir. pH sınırları birçok tür için sınırlayıcıdır.
c. Aerob organizmalar oldukları için su ile doygun koşullarda ya da %85-100 su tutma kapasitesine sahip topraklarda zayıf gelişirler.
d. Sıcaklığın 5 0C’den 27 0C’ye doğru artışıyla gelişmeleri hızlanır. 28-37 0C’lerde optimuma ulaşır. Bu mezofilik formlar dışında 55-65 0C’de aktif olan termofilik formları da mevcuttur. 30-65 0C arasında faaliyet gösteren fakültatif termofil formlara da rastlanmaktadır.
Yüksek Protistler
Ökaryotik hücre yapısına sahip organizmalardır. Mevcudiyetine bağlı olarak yüksek protistler fotosentetik algler ve protozoalar ile mantarlar şeklinde sınıflandırılırlar. Mantar ve protozoalar kemotrofik organizmalar olup, yaşam işlevleri için kimyasal enerji kaynaklarına bağımlıdırlar.
Mantarlar
İyi havalanan işlenmiş topraklarda mantarlar toplam mikrobiyal porotoplazmanın büyük bir kısmını oluştururlar. Bu organizmalar özellikle çalılık ve orman topraklarının organik katmanında aktif olup, dominant mikroorganizma durumundadırlar. Özellikle asit karakterli topraklarda mantarlar organik madde ayrışmasının ana unsurlarıdır.
Mantarlar hif denilen mikroskobik dallanmış flamentlerden oluşur ve hifler bir araya gelerek miselleri teşkil ederler. Ancak mantarların hepsi hifli olmayabilir. Çünkü maya olarak bilinen grup üyeleri küresel veya elips şekilli hücrelerden oluşurlar. Mantar hifleri çeşitli eşeysiz sporları oluşturduğu gibi miseller yaşlandığında ya da çevre koşulları uygun olmadığında birçok mantar çekirdek bölünmesiyle oluşan sporlar aracılığıyla eşeysel olarak da üreyebilirler.
Filamentli mantarlar arasında eşysiz üremenin en yaygın yöntemi hiflerin bölünmesidir. Bölünen her parça uygun çevre koşullarında bir birey oluşturma yeteneğindedir. Bazı mantarlar uygunsuz çevre koşularına tepki olarak spor benzeri yapılar oluştururlar. Bunlara arthrospor ya da oidia denir. Ancak mantarların en önemli eşeysiz üreme yöntemi spor oluşmu iledir. Eşeysiz sporlar 2 şekilde oluşturulur;
• Ya sporangiumdenilen keseler içinde (ki burada oluşan sporlara sporangiospor denir.)
• Ya da doğrudan misel üzerinde konidiumlar şeklinde oluşur.
Konidiumlar hareketli olmadığı halde sprangiosporlar bazı türlerde kamçılıdır. Eşysiz sporlara ilave olarak miseller olumsuz koşullara karşı bazı dirençli yapılar oluştururlar. Örneğin; spor veya hif hücrelerinin etrafında koruyucu bir duvar oluşumu görülen chlamydosporlar, küresel bir hif kütlesi halinde sclerotium, çok sayıda hifin agregasyonu ile oluşan rhizomorf yapılar.
Toprak mantarları ya toprak yüzeyini örten döküntü katmanında ya da toprakta yaşayan mantar olarak ekolojik dağılım gösterirler. Aslında bitki döküntü katmanında yaşayan mantar türlerinin önemli bir kısmı bitki üzerinde yaşayan formlardır.
Bitki Üzerindeki Mantarlar
Bitkiler daha tohum halinde iken bir mikrofloraya sahiptirler. Tohum kabuklarına tutunan mantarlar bazı potansiyel patojenleri içerebilir. Bezelye köklerinden 40’dan fazla farklı mantar izole edilmiştir. Örneğin; Phytium, Fusarium, Gliocladium, Mortierella.
Bazı mantarlar bitkilerin yaprak dokusu üzerinde kolonize olup, dökülme ile birlikte toprağın döküntü katmanına geçerler. Örneğin Cladosporium sp., Alternaria alternata, Botrytis cinerea.

aLinti..
__________________
#HerSeyCokGuzeℒoℒacak..ღ ❦
  Alıntı ile Cevapla

IRCForumlari.NET Reklamlar
radyo44.com.tr
Cevapla

Etiketler
Çeşitli, mikroorganizmalarla, parametrelerinin, toprak, İlişkisi

Seçenekler
Stil

Yetkileriniz
Konu Acma Yetkiniz Yok
Cevap Yazma Yetkiniz Yok
Eklenti Yükleme Yetkiniz Yok
Mesajınızı Değiştirme Yetkiniz Yok

BB code is Açık
Smileler Açık
[IMG] Kodları Açık
HTML-Kodu Kapalı
Trackbacks are Kapalı
Pingbacks are Açık
Refbacks are Açık


Benzer Konular
Konu Konuyu Başlatan Forum Cevaplar Son Mesaj
İç-Dış İlişkisi Desmont Türkçe 0 28 Kasım 2014 16:29
Din Bilim İlişkisi Liaaa Genel İslami Konular 1 28 Nisan 2013 15:45
Aşk, Aşkın Güç ile İlişkisi Kalemzede Felsefe 0 11 Mayıs 2012 08:26
on *:start: Parametrelerinin Cakismasi VoLaTiLe mIRC Scripting Sorunları 4 14 Eylül 2006 03:22