Selçuklu hanedani mensuplari arasindaki taht kavgalarina ilâveten Mogol noyanlari arasindaki mücadele de Anadolu'da büyük sikintilara sebep oldu. Ilhanli hükümdari Mahmud Gazan Han'in Anadolu genel valiligine getirdigi Togaçar Noyan daha sonra gözden düsmüs ve yine Gazan Han'in gizli emriyle Baltu ve Arap Noyan tarafindan öldürülmüstür. Baltu Noyan giderek güçlenmis ve hanin emirlerini dinlemez olmustu. Bunun üzerine Gazan Han Kutlug Sah kumandasindaki 30.000 kisilik bir orduyu 1296 yilinda Anadolu'ya gönderdi. Baltu Noyan kaçip Ermeni tekfuruna sigindi. Fakat Tekfur onu yakalayip Tebriz'e gönderdi. Baltu burada Gazan Han tarafindan idam edildi.
Sultan Mesûd Baltu Noyan'in tahakkümü altinda oldugu için Gazan Han'in isteklerini yerine getiremiyordu. Kutlug Sah itham altinda oldugu için Sultan Mesud'u Gazan Han'in huzuruna çikardi. O Gazan Han'a mazeretini anlattiysa da 1296 yilinda tahtindan uzaklastirilip Hemedan'a sürüldü ve Selçuklu tahti III. Alaeddin Keykubad 1298'de tahta çikincaya kadar 2 yil bos kaldi.
Sehzadelerin ve Mogol noyanlarin çikardigi karisikliklar Anadolu halkinin daha da perisan olmasina sebep oldu. Horasan Irak ve Azerbaycan'dan yola çikan pekçok kisi burada bir mevki ele geçirmeye çalisiyordu. Gazan Han'in Konya'ya gelen elçisi Ahilerin reisi Ahmed Sah tarafindan uzaklastirilinca hükümdara yaranmak isteyen Sarap-sâlar onu öldürdü. Bu olay halki mateme bogdu. Cenaze merasiminde 15.000 kisi basaçik yürüdü. Sehir ileri gelenlerinin israrlari karsisinda Ahmed Sah'in katili yakalanip idam edildi.