Şarlken, 24 Şubat 1500'de Gand'da doğdu. Babası 1506'da ölünce, halası onu Hollanda Kral naibi yaptı. İkinci Ferdinand'ın ölümünden sonra, Aragon ve Kastilya'nın yönetimini, annesinin akıl hastalığı nedeni ile Şarlken üstlendi.
Kanuni Sultan Süleyman'ın 1520'de Osmanlı tahtına çıkmasından sonra Osmanlıların Avrupa'ya akınları daha da arttı. Macaristan Bohemya Kralı, 1526'da Mohaç'ta Osmanlılara yenilince, Şarlken'in kardeşi Ferdinand, geride kalan toprakların yönetimini ele geçirdi. Şarlken 1527'de, çoğunluğu paralı Germen askerlerinden oluşan ordusu ile Roma'ya girerek kenti yağmaladı. Papa ile bir antlaşma imzalayan Şarlken, Bologna'ya geçti ve Şubat 1530'da Papa tarafından kutsal Roma-Germen İmparatoru olarak kutsandı.
1529'da Viyana'yı kuşatan Kanuni Sultan Süleyman, Avusturya'ya büyük kayıplar verdirdi. Şarlken'in kardeşi Ferdinand Osmanlı akınları ile uğraşırken Alman prensleri üzerindeki otoritesini yitirdi. Şarlken, 1532'de Viyana önlerinde Kanuni Sultan Süleyman tarafından bir meydan savaşına zorlandıysa da buna yanaşmadı. Fransa üzerine akınlar düzenledi. Bu seferlerin sonuncusu da başarısızlıkla sonuçlanınca, İspanya ve Hollanda'yı oğlu Phillipe'e verdi. Avusturya'yı ise kardeşi Ferdinand'a bıraktı. Eylül 1556'da İspanya'ya gitti ve 1557'de Yuste Manastırı'na kapandı ve burada öldü.
Şarlken Avrupa'da kendi egemenliği altında birleşmiş, Katolik bir imparatorluk kurmak istiyordu. Bu amaçla uzun yıllar Protestanlar ve Osmanlılarla savaştı. Ancak geniş bir alana yayılmış, farklı iktisadi, dinsel ve kültürel yapılara sahip krallıkları Katoliklik etrafında bir araya getirmeyi başaramadı.