Bütün canlı hücrelerde olduğu gibi bakteri hücresinin yapısında organik maddeler, inorganik
maddeler ve su bulunur. Su, genel olarak bakterilerin %70-90'lık kısmını oluşturur. Bakteri
sporlarında bu oran %40-50'ye düşer.
Organik maddeler kuru ağırlığın %50-90'ını oluşturur. Organik maddelerin başlıcaları, proteinler,
karbonhidratlar, lipidler ve nükleik asidlerdir.
Bakterilerde en çok karbon, hidrojen, oksijen, azot, kükürt, fosfor gibi elementlerin yanı sıra
daha az oranda da sodyum, potasyum, magnezyum, klor, demir, bakır, çinko bulunmaktadır.
Bakterilerin yapısındaki karbonhidratlar, polisakkarit şeklinde, glikoprotein yapısında olabilirler.
Cins ya da tipe özgü özellikleri nedeniyle serolojik ayırıcı tanıda kullanılabilirler.
Lipidler, bazı bakterilerde yüksek oranda bulunurlar. Proteinlerle birleşmiş yapılar da oluşturabilirler.
İnorganik maddeler, bakteri kuru ağırlığının %2 -30'u arasında değişir. Daha çok tuzlar şeklinde
bulunurlar.
Nükleik asitler, nukleusta bulunan DNA ve sitoplazmada yer alan RNA 'ların yapısında yer
alırlar. Viruslar da DNA ve RNA'dan yalnızca birisi bulunurken, prion yapılarında hiç nükleik
asit bulunmamaktadır. Viruslarda proteinler; kapsidde, glikopretinler; zarf yapılarında yer
alırlar ve viruslara değişik özellikler sağlarlar. Lipidler, virusların zarf kısmında yer alırlar ve
bulundukları viruslar etere duyarlı özellik taşırlar.