Hendese-i Mülkiye, 1883 yılında kurulmuştur. Mühendishane-i Berr-i Hümayun'daki kılıçhanelerden birisi boşaltılıp Hendese-i Mülkiye öğrencilerine tahsis edilmiştir. Kuruluşunda Fransa'daki Ecole Ponts et'chanss'es (Köprü ve Yol Mektebi) örnek alınmıştır.

Ancak daha sonra Fransız dizgesi (sistem) terk edilmiş ve Alman dizgesine geçilmiştir. Hendese-i Mülkiye önceleri askeriyeye bağlıydı, fakat daha sonra askeriyeden ayrılıp Bayındırlık Bakanlığına bağlanmıştır. Adı da Mühendis Mektebi olarak değiştirilmiştir (1909).

Hendese-i Mülkiye öğrencileri ve öğretmenleri Osmanlı Devleti ve Türkiye'nin gelişmesine yardım etmiştir.

Örneğin Hicaz demiryolu pek çok Hendese-i Mülkiye mezunu ve hocaları tarafından yapılmıştır. Ayrıca okulun hocalarından Mimar Kemaleddin Bey Mescid-i Aksa'nın onarımını gerçekleştirmiştir.