Bizanslılar 'dan büyük bir halk kütlesi son mukavamet merkezi olarak Ayasofya Kilisesi'ne dolmuşlardı. Türk askerleri sıkıca kapatılmış olan Ayasofya'nın kapılarını zorla açarak içeri girdiler. Sultan, kendisini iki ay uğraştıran bu insan kütlesine karşı, insanlığın üstünde bir merhamet ve şefkat gösterdi. Bu arada ayaklarına kapanan İstanbul patriğini yerden kaldırmak âlicenaplığını gösteren cihangir, şu sözlerle patriği teselli etti:

"Ayağa kalkınız. Ben Sultan Mehmed, hepinize söylüyorum ki, şu andan itibaren artık ne hayatınız, ne hürriyetiniz hususunda gazab-ı şahanemden korkmayınız!"