İki dirhem bir çekirdek adlı kitapta, İskender Pala'nın anlattığına göre bu deyimin hikayesi şöyle:
Sarı çizmenin moda olduğu bir zamanda, İzmir eşrafından birisi uşağını çağırıp tembih etmiş:
- Bak a efendi! Aydın'dan Mehmet Ağa isminde birisi gelecek. Harman zamanında sarı çizme alması için on dört akçe vermiştim. Borcunun vadesi geldi, bugün defterden borcunu sildim. Şimdi faytona bin, doğru istasyona! uzun boylu, orta yaşlı, efe bıyıklı biridir, hemen tanırsın.
Uşak istasyona varmış. Tren boşalmaya başlamış. Bir müddet sonra tarife uygun adam aramışsa da nafile. Bari çizmesinden tanıyayım diye bu sefer ayakları tarassuta başlamış. Ne var ki sarı çizmelerden giyen giyene. Nihayet çaresizlik içinde en benzettiği kişiye seslenmiş:
- Mehmet Ağa! bizim bey seni konakta bekliyor.
Tesadüf bu ya, sarı çizmeli adamın adı Mehmet olup, Aydın'da kendisini Ağa diye çağırırlarmış. Beraberce konağa varmışlar. Bey bakmış ki gelen sarı çizmeli ile onun borçlusu Mehmet Ağa arasında bir benzerlik yok. Elindeki defterin alacak hanesine bir yandan Mehmet Ağa'nın adını yeniden yazarken diğer yandan uşağı paylamaya başlamış.
Nihayet uşak:
- Bey, demiş, burası koca bir şehir, sarı çizmeli de çoktu; Mehmet Ağa da. Seninkini yaz deftere bir daha!
Bu hikaye halk arasında yayıldıktan sonra, kim olduğu, ne olduğu belli olmayan birisinden bahsedilirken "Sarı Çizmeli Mehmet Ağa" deyimi kullanılmaya başlamıştır.