Kanunî Sultan Süleyman ertesi yıl Malta'ya diyet olmak üzere Sakız Adası'nı Osmanlı hakimiyetine almak için Donanma'ya hareket emri verdi. Mart-Nisan 1566'da Kaptan-ı Derya Piyale Paşa 70 parça kadırga ile denize açılıp adanın karsısındaki Çeşme’ye geldi. donanmanın Çeşme’ye geldiğini gören Sakız yönetimi hediye ve vaadlerle Osmanlı'yı vazgeçirmeye çalıştılarsa da başaramadılar. Bunun üzerine 14 Nisan 1566'da Sakız’a çıkan Piyâle Paşa ve leventleri kan dökmeden adayı ele geçirip bütünüyle Osmanlı topraklarına kattılar. Adaya muhafızlar koyan Piyâle Paşa Sakız Adası'nın en büyük kilisesini de camiye çevirdi. Böylece Ceneviz, Ege'deki son kolonisini de kaybetmiş oldu. Türkler'in adayı ele geçirmesi, Katolik Cenevizliler'in baskılarından bıkan yerli Rumlar tarafından da sevinçle karşılandı. Böylece Sakız Adası da diğer komşu adalar gibi Osmanlı hakimiyetinin sağladığı müsamaha iklimine girmiş oldu. Sakız Adası’nın bütünüyle Osmanlı hakimiyetine girdiği haberini alan Kanuni "Eyi tedarik olunmuş" diyerek memnuniyetini belirtti. Piyâle Paşa’ya gönderilen hükümde ise, Sakız’ın bir sancak halinde Kaptan Paşa Eeyâleti'ne katılması uygun görülerek adanın gelirleri ile nüfus tespiti yapıldı ve Sakız’ın ileri gelenleri de İstanbul’a gönderildi.